Als Graf Dietrich III. im Anfang des 12. Jahrhunderts ein Kloster gründete, faßte er auch den Entschluß zur Erbauung der Schloßkirche. Das Kloster erhielt den Namen St.-Johannis-Evangelista. Es gehörte zum Augustiner-Orden. Das Kloster und die Klosterkirche wurden im Jahre 1105 gestiftet.
Im Jahre 1105 wurde vom Erzbischof von Mainz, der auch seine Zustimmung zum Bau des Klosters gegeben hatte, ein erster Bauabschnitt geweiht. Davon ist ein Brief erhalten, der Nachricht über die Stiftung, die erzbischöfliche Konfirmation und die Einweihung des Hauptaltars der Klosterkirche umfaßt.
Die gesamte Klosteranlage einschließlich Kreuzgang und Refektorium soll erst 1112 durch Erzbischof Adalbert I. von Mainz geweiht worden sein.
Die damalige Klosterkirche wurde vom romanischen Baustil geprägt. Aus jener Zeit sind heute der steinerne Altartisch und die Krypta erhalten. Dieser Raum, früher als Kartoffelkeller genutzt, ist heute wiederhergestellt und wird als Raum zur persönlichen Andacht benutzt. Früher gab es einen Zugang aus dem Kircheninneren zur Krypta. In der Krypta wurden Personen bestattet.
Z. B. wurde dort der Stifter des Klosters, Graf Dietrich III. beigesetzt.
Über vier Jahrhunderte hatte die Stiftung des Grafen Dietrich Bestand, ehe 1532 die Reformation zum Durchbruch kam und 1534 das Kloster säkularisiert wurde. 1532 wurde Ernst Bauermeister als erster evangelischer Prediger nach Katlenburg berufen. Unter seinem Einfluß nahmen 1534 der Propst Bernhard Wolf und die meisten Nonnen die evangelische Lehre an. Die evangelischen Prediger hatten in den ersten Jahren einen schweren Stand. So wurde 1539 der Prediger in Katlenburg von Bauern aus Hammenstedt überfallen und mißhandelt. - Die Katlenburg, die von 1235 an zum Herzogtum Braunschweig und von 1285 bis 1596 zum Fürstentum Grubenhagen gehörte, mußte im Laufe ihrer Geschichte zwei große Verwüstungen erleben: Im Jahre 1346 brannten die Klosteranlagen wohl durch Brandstiftung nieder. Dieser Brand muß so folgenschwer gewesen sein, daß er in einem der ältesten plattdeutschen Lieder Niedersachsens, dem sogenannten Horlemann-Lied, überliefert wurde.
Im Dreißigjährigen Krieg, 1625, durch Tilly nach längerer Belagerung zur Übergabe gezwungen, wurden das Schloß und die Kirche sowie die übrigen Gebäude des Burggeländes am 17. April 1626 durch Truppen des Herzogs Christian von Wolfenbüttel geplündert und anschließend in Brand gesteckt. Noch einmal hatte die Burg während des Siebenjährigen Krieges durch Franzosen und Sachsen im Jahre 1761 eine Besetzung zu erdulden, bei der die Kirche entweiht wurde: "es wurde darin gesotten und gebraten". Die Katlenburg, im 16. Jahrhundert zeitweilig Aufenthaltsort der Grubenhagenschen Herzöge, wurde Sitz des Amtes gleichen Namens, das 1859 seine Selbständigkeit verlor; seit 1885 gehört das vormalige Amt Katlenburg zum Landkreis Northeim. Das Schloß dient heute dem Freizeit- und Bildungswerk der Schreberjugend e. V. als Tagungs- und Freizeitstätte für Seminare, Workcamps, Lehrerfortbildungen usw.
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